共青团云南中医学院委员会(简称校团委)，是全校团员代表大会选举产生的常设机构，是学校共青团的领导机关。校团委在团省委、校党委领导下工作，对全校团员代表大会负责。校团委内设办公室、 组织部、宣传部 、科技部、青年志愿者工作部,艺术团等机构。目前中药学院、 基础医学院、 第一附属医院（临床医学院）、药学院、针灸推拿康复学院、护理学院、人文与管理学院设基层团的委员会，民族医药学院、信息技术学院、继续教育学院、教职工设基层团总支，他们是在校团委和所在学院（部）党总支（党委）领导下的共青团的基层组织。    学生会是以创建“精神文明” 为目标，以一系列宣传教育活动为工作重心，本着“服务于同学，服务于学校”的宗旨，发挥学校与学生之间的桥梁作用。学生会设立主席团，分主席1名，副主席3名，负责整个学生会工作的整体规划和统筹安排，是学生会的最高权力机构。学生会各部门各包括部长1人，副部长1-2人，干事若干名，学生会秘书处以下各部部长作为部门总管主要做好和本部有关的策划工作，而副部长则要配合部长对工作进行组织、分配和汇报。学生会秘书处是云南中医学院学生会主席团直接领导下的一个职能部门。它对校学生会和各项工作进行统筹、协调和监督，负责校学生会干部、经费、档案、内部制度、日常事务的管理等，为主席团和各职能部门合理安排工作时间，保证工作效率，以便更好地服务同学，是促进校学生会整体工作顺利运转的中枢。外联部坚持学生会"自我教育、自我管理、自我服务"的工作原则，发扬"团结、务实、创新"的精神。努力加强学生会与外界的联系，促进学生会与外界的相互了解及合作，树立校学生会的良好的形象；组织和引导学生走向社会，参与各种实践活动，促进学生走上与实际相结合的成长道路。女生部是以全校女生这一特定群体为对象开展工作，本着"自尊、自爱、自立、自强"的"四自"原则，及时反映女生的合理要求，维护女生的正当权利，展现新时代女大学生的风采。生活劳动部本着服务同学的宗旨，倡导文明健康的生活方式，配合学校后服中心和保卫处等部门，参与对学生宿舍管理、教室卫生、校园环境的管理，维护学校正常的教学秩序和学生正常的生活秩序，促进同学们健康文明的生活习惯的形式，营造并维护学校良好的学习、育人环境。文体部是按照当代大学生全面发展的要求，开展集知识性、艺术性、群众性为一体的文娱体育活动，提高学生的艺术修养、增强学生的身体素质，推动校园文化艺术的发展。学宣部以通知、宣传海报的形式宣传各种活动，营造良好的校园学术氛围，帮助广大学生提高对校园各种活动的全面认识和参与，加强广大学生融入校园活动的积极性，为广大同学提供一个获取信息的平台。网络信息部主要通过网络等渠道，向同学们宣传学生会的工作，通过举办一些与电脑网络相关的活动，提高同学们的电脑网络应用技术水平。负责团委网站建设与维护，及时更新网站信息，开展好网站宣传工作，促进校内信息资源的交流与共享，发挥团委网络在宣传、在线团学管理工作的作用。勤工实践部以服务全校贫困同学作为工作重点，积极为其寻求勤工俭学机会，以帮助贫困生顺利完成学业。负责对外联系各企事业单位，提供勤工俭学机会，并对我校进行有效宣传，举办或限制校内商业活动，维护正常的校园环境和教学秩序。权益部旨在切实维护广大同学的切身利益，有效维护校内稳定，积极促进同学自我管理，自我服务意识，在学校与学生之间起桥梁和纽带作用，增加学校做出方针政策的透明度，是民主地管理服务广大学生的部门，想同学之想，急同学之急，加强沟通，增进了解维护校内稳定，维持权益平衡，维护同学合法权益，加强校方与同学沟通，加强后勤部门与维权部门之间联系。权益部对侵权事件的协商解决，在公正公平公开原则基础上切实保护学生权益.